Die Cranio-Sacral-Therapie beruht unter anderem auf der Annahme, dass sich die rhythmischen Pulsationen der Gehirn-Rückenmarksflüssigkeit (liqour cerebrospinalis), der sog. Primär Respiratorischer Mechanismus (PMR), auf die äußeren Gewebe und Knochen übertragen und somit ertasten lassen.

Die Einzelknochen der Schädelkalotte werden bei Kindern, aber auch bei Erwachsenen als gegeneinander beweglich angesehen.

Durch Berührung des Körpers will der Therapeut Informationen über mögliche Blockaden dieser Bewegung sammeln und dadurch auf Funktionseinschränkungen einwirken, sowie indirekt auch Membranen innerhalb des Schädels (Falx cerebri, Tentorium, Falx cerebelli) und die harte Hirnhaut (Dura mater) beeinflussen. Dieses Vorgehen soll einen angenommenen „Energiefluss“ verbessern und Selbsheilungskräfte aktivieren sowie Funktionseinschränkungen und seelische Traumata lösen.